La recherche scientifique fondamentale,  menée essentiellement dans les universités, est une compétence importante de la Fédération Wallonie-Bruxelles, qu’elle soutient au profit de deux types d’acteurs majeurs : les universités d’une part et le Fonds de la recherche scientifique (FNRS) d’autre part.
 

La recherche en Hautes Ecoles se développe peu à peu. Elle est plus étroitement liée aux partenaires des établissements.