Quatre hôpitaux académiques dépendent de la Fédération Wallonie-Bruxelles : l’Hôpital Erasme (ULB), les cliniques Saint-Luc (UCL) et de Mont-Godinne (UCL) et le Centre hospitalier universitaire de Liège (ULiège).

Pour ces hôpitaux, la Fédération Wallonie Bruxelles est en charge du financement des constructions et des rénovations et de l’investissement dans du matériel médical lourd (la RMN, la radiothérapie et les pet scan).